为贯彻落实党中央、国务院让江河湖泊休养生息的要求，加强流域生态环境保护，从根本上提高河湖流域生态环境质量，促进生态环境保护与经济社会和谐、可持续发展，环保部办公厅下发了《关于开展流域生态健康评估试点工作的通知》（环办函〔2012〕1163号）。
根据《通知》要求，生态所组织技术人员成立课题组，启动甘肃省黄河流域（甘肃段）生态健康评估工作。此次评估工作从流域尺度进行生态环境现状调查、生态环境问题分析和黄河流域（甘肃段）健康综合评估，提出黄河流域（甘肃段）生态环境保护和可持续发展的有效途径和方法，推动建立黄河流域（甘肃段）生态健康保护和治理的长效机制。
2013年8月，课题组完成了《甘肃省黄河流域生态健康评估总体实施方案》，同年12月，《实施方案》通过环保部生态司审查。《实施方案》计划从2014年-2016年分三个阶段分别完成甘肃境内黄河流域玛曲段、兰州段和白银段的健康评估工作。评估将重点开展以下工作：一是，通过黄河干流陆域和水域生态环境现状和压力分析，分析人类活动对黄河流域（甘肃段）生态系统的影响范围和程度；二是，开展以主要支流流域为单位的流域生态健康评估，诊断各小流域的健康状况分析流域存在的主要问题和风险；三是，针对被评估流域生态系统健康方面存在的主要问题和风险，实施污染源治理、主导功能保护、退化生态系统修复、流域生态补偿机制构建以及流域生态健康监管等具体措施和项目促进黄河流域（甘肃段）环境保护工作从污染防治型向生态环境综合保护型转变，切实改善黄河流域（甘肃段）生态健康状况，提升流域生态服务功能。